Η διατήρηση της βιοποικιλότητας είναι ιδιαίτερης σημασίας και συνιστά έναν ισχυρό συνδετικό κρίκο με τον άν­θρωπο. Πριν λίγα χρόνια ο Οργανισμός των Ηνωμένων Εθνών δημοσίευσε την «Αξιολόγηση των Οικοσυστημάτων της Χιλιετίας» που πέρασε. Σύμφωνα δε με επιστημονικές εκτιμήσεις αναφέρεται ότι σήμερα υπάρχουν 3 έως 30 εκατομμύρια είδη ζωντανών οργανισμών, όπου ο αριθμός των αναγνωρισμένων και ταξινομημένων ανέρχεται περί­που στα 2,5 εκατομμύρια. Πλέον της διαπίστωσης ότι η βιοποικιλότητα μειώνεται παγκοσμίως, προβλέψεις για τις επόμενες δεκαετίες αναφέρουν ότι θα εξαλειφθούν το 25% των θηλαστικών και το 12% των πτηνών παγκοσμίως.

Έτσι, η Ευρώπη έθεσε ως στόχο την ανακοπή της φθίνουσας πορείας της βιοποικιλότητας. Ταυτόχρονα με αυτά, παρατηρούμε ότι η αλματώδης αύξηση του ανθρώπινου πληθυσμού και κατ’ επέκταση των δραστηριοτήτων για την κάλυψη των αναγκών του, έχει άμεση και έμμεση επίδραση σ΄αυτήν. Έτσι, κατασκευές φραγμάτων για ύδρευση, άρδευση και παραγωγή ενέργειας, έχουν μετατρέψει τους ποταμούς σε ιδιαιτέρως τροποιημένα συστήματα. Πλέον όμως των ταμιευτήρων και η τροποίηση διαφόρων ποτάμιων τμημάτων έχει διαπιστωθεί ότι επιφέρει σοβαρές επιδράσεις στην σύσταση και αφθονία της υδρόβιας βιοποικιλότητας. Ως αντιμετώπιση του προβλήματος αυτού εφαρμόζονται και λόγω της Κοινοτικής Οδηγίας 2000/60/ΕΚ, διάφορα πρωτόκολλα που είναι μια ολοκληρωμένη διαδικασία περιγραφής και αξιολόγησης της φυσικής δομής και της αξιολόγησης της ποιότητας των ενδιαιτημάτων ενός ποτάμιου συστήματος.

Στην Ελλάδα εφαρμοζεται η μέθοδος River Habitat Assessment, όπου επισημαίνει την παρουσία και την ποικιλία εκείνων των χαρακτηριστικών που παρέχουν καλής ποιότητας ενδιαιτήματα, τις ενδεχόμενες επιπτώσεις από τις χρήσεις γης της λεκάνης απορροής και από τις διάφορες τεχνητές τροποποιήσεις που έχουν πραγματοποιηθεί και σε αρκετές περιπτώσεις έχουν υποβαθμίσει το ποτάμιο σύστημα. Το RHS βασίζεται στη συλλογή και επεξεργασία ποιοτικών και ποσοτικών υδρολογικών – γεωμορφολογικών δεδομένων. Έτσι, επιτυγχάνεται, η συλλογή και η απο­θήκευση ενός μεγάλου αριθμού παραμέτρων που είναι χρήσιμες για τον χαρακτηρισμό του ποταμού όσον αφορά τα χαρακτηριστικά των ενδιαιτημάτων του και η κατάταξή του από τον υπολογισμό διαφόρων δεικτών. Οι δείκτες που χρησιμοποιούνται είναι ο Habitat Modification Score, o Habitat Quality Assessment και ο Benchmark Distance Score. Κατά την διάρκεια όμως της εφαρμογής του διαπιστώσαμε ότι μια τροποποίηση της μεθόδου αυτής θα επιφέρει καταλληλότερα αποτελέσματα όσον αφορά την ανάδειξη και συνεπώς την προστασία της υδρόβιας χλωρίδας και πανίδας. Δηλαδή, με την ταυτόχρονη καταγραφή των χαρακτηριστών της μεθόδου αυτής, να γίνει σε αρκετά μεγάλη και ευρεία κλίμακα δειγματοληψία βιοτικών στοιχείων για την τελική και επιστημονικά τεκμηριωμένη εξαγωγή αποφάσεων διαχείρισης, όπου θα μπορούσε να θεσμοθετηθεί μέσω ενός Νομικού πλαισίου για τον Ελλαδικό χώρο.